Ricerche archeologiche svoltein Madagascar hanno rilevato che le prime comunità organizzate in piccoli villaggi,

risalgono a circa al V° secolo dC, originate probabilmente da popolazioni miste di origine indonesiana ed africana.

I segni di insediamenti precedenti  sono molto pochi e controversi. Recenti scavi archeologici nel nord del Madagascar hanno ritrovato siti con resti della lavorazione della pietra, punte di freccia e di lancia, che rivelano la costruzione di oggetti usati per la ricerca di cibo nelle le foreste e lungo la costa.
Indagini svolte in particolare in un sito, rivelano che possa risalire addirittura al 2000 aC, cosa che cambierebbe quindi tutte le ipotesi del’insediamento dei primi uomini in Madagascar.
Ci sono poi due altri siti la cui particolare stratigrafia, cronologia destano interesse. Si tratta di Ambohiposa vicino Iharana (Vohemar), sulla costa nord-est, che ha restituito una stratificazioni di resti di lavorazione della roccia, soprattutto microlame, semilune e strumenti trapezoidali, probabilmente elementi di armi da lancio, costruiti  di selce e ossidiana. Non  sono stati però trovati resti di cibo rendendone difficile la datazione. Altro luogo importante è Lakaton'i Anja nei pressi Antsiranana,  ha rivelato diverse stratificazioni,  la più antica datata  1050-1350 dC,  con resti di ceramica importati dal Vicino Oriente.
Stratificazioni simili sono state  rinventute a Ambohiposa, la cui datazione ottenuta con un metodo di luminescenza ottica  da anche qui indicazioni che rivela una occupazione più o meno continua dal 2000 aC al 140 dC. I resti degli animali rinvenuti, indicano anche un’inizio di una attività di allevamento.
I  dati raccolti dimostrerebbero che una popolazione di raccoglitori-cacciatori con una tecnologia ancora ferma all’età della pietra, era attiva in Madagascar molto prima dell'arrivo degli agricoltori e pastori.
Le popolazioni e le differenti di economie storicamente distinte, si devono poi essere fuse durante l’Olocene per creare comunità e popolazioni che poi si sono trasformate nelle odierni gruppi etnici
che si sono stanziate in Madagascar prima dell’arrivo degli europei .